정부는 이 사업에 지난 1995년부터 2008년까지 총 1조 308억원의 예산을 지원했으며, 올해는 전년대비 28.5% 증액된 1859억원을 계상했다.

보고서는 이 사업에 대해 4가지 문제점을 지적했다.

우선 복지부와 교육과학기술부, 지식경제부 등 다부처에 걸쳐 보건의료연구개발이 지원되고 있지만, 범부처 기본계획이 마련되지 않아 국가 전체적인 투자 우선순위, 사업 간 조정의 틀을 제시하지 못했다는 지적이다.

보건의료기술 진흥법 제1조는 '보건의료기술의 진흥에 관한 기본계획의 수립'을 동법의 제정 목적 중 하나로 두고 있음에도, 법 제정 이후 현재까지 범부처 기본계획이 마련된 바 없다.

보건의료연구개발 과제관리 기능에 대해서는 한국보건산업진흥원과 질병관리본부, 국립암센터 등 여러 기관으로 분산돼 전문성과 기획능력이 떨어진다는 분석이다.

일례로 교육과학기술부에서 신약과 관련해 개발한 후보물질에 대해 복지부가 임상·비임상 시험을 완료하고, 식품의약품안전청의 승인과 마케팅까지 이어진 사례는 거의 존재하지 않았다.

신약개발 과정에서 단계별 격차가 존재해 BT 연구개발 지원의 효과가 가시화되지 못한다는 지적도 나왔다.

또 초기 임상시험 중심의 전략적 지원이 이뤄지지 못해 중국 등 후발 추격국가와의 차별화가 곤란하다는 분석이다.

지난해 12개 지역임상시험센터에서 시행한 임상시험 건수를 단계별로 분류한 결과, 후기임상인 제3상이 57.6%로 가장 많은 비중을 차지했으며, 초기임상인 제1상은 9.6%에 불과했다.

연구개발에 따른 기술료 수입·지출에 관한 내역을 국회에 보고토록 한 '국가재정법'의 관련 규정이 사문화될 우려가 있다는 우려도 나타냈다.

보고서는 이 같은 상황을 고려해 5개 개선 방안을 제시했다.

우선 '보건의료기술 진흥법'제4조에 규정된 '중장기계획의 수립'에 관한 내용을 기본계획의 수립에 맞는 내용과 체계로 정비하고 추진력 있는 범부처 기본계획을 조속히 수립토록 제안했다.

진흥원 내의 R&D사업진흥본부와 국립암센터, 질병관리본부의 R&D 관리 담당부서를 통합해 단일 전문관리기관을 설립할 필요성도 언급했다.

'국가연구개발사업 관리 등에 관한 규정'에 따른 '연구 성과 활용보고서'와 '추적평가'를 범부처적으로 연계해 실시함으로써 신약개발과정의 단절 현상을 완화할 필요성을 강조했다.

연구종료 예정이거나 일정수준의 위치에 올라선 임상시험센터에 대해서는 초기임상시험 중심으로 특성화를 할 수 있도록 경제·사업성 평가를 거쳐 후속 발전모델을 제시토록 했다.

마지막으로 '국가재정법' 제53조제5항에서 기술료 수입·지출에 관한 내역을 국회에 보고하는 주체를 명확히 하고, 보고의 이행을 촉구했다. 향후 기술료 수입·지출 내역을 결산보고서에 포함할 필요성도 덧붙였다.

보고서는 "글로벌블록버스터 신약 같은 국부창출의 결실을 이끌어내려면 기초연구 성과를 보건의료로 전달함에 존재하는 부처 간 칸막이와 같은 병목 요인을 효과적으로 제거하느냐에 달렸다"며 "관련 사업 간의 정합성(coherence)을 높이고 투자 우선순위를 명확히 할 수 있는 계획이 마련돼야 한다"고 말했다.